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Nel 1858, nel quartiere ebraico di Bologna, i soldati del Papa irrompono nella casa della famiglia Mortara. Per ordine del cardinale, sono andati a prendere Edgardo, il loro figlio di sette anni. Secondo le dichiarazioni di una domestica, ritenuto in punto di morte, a sei mesi, il bambino era stato segretamente battezzato. La legge papale è inappellabile: deve ricevere un'educazione cattolica. I genitori di Edgardo, sconvolti, faranno di tutto per riavere il figlio. Sostenuta dall'opinione pubblica e dalla comunità ebraica internazionale, la battaglia dei Mortara assume presto una dimensione politica. Ma il Papa non accetta di restituire il bambino. Mentre Edgardo cresce nella fede cattolica, il potere temporale della Chiesa volge al tramonto e le truppe sabaude conquistano Roma.
Spoiler 1851. Edgardo Mortara è il sestogenito di Salomone "Momolo" e Marianna Mortara, ebrei di Bologna, città all'epoca sotto la sovranità dello Stato Pontificio. Credendolo malato e in fin di vita, la domestica cristiana Anna Morisi gli somministra in segreto il battesimo, per paura che alla sua morte vada a finire nel limbo. Il bambino sopravvive, ma sette anni dopo Anna racconta del battesimo a Pier Feletti, capo dell'ufficio bolognese dell'Inquisizione: il sacramento avrebbe reso il bambino irrevocabilmente cattolico, e poiché le norme dello Stato Pontificio vietano che un cristiano sia cresciuto da non cristiani, Feletti decide di togliere il bambino alla famiglia. Il 24 giugno Edgardo Mortara viene quindi sequestrato dalla polizia pontificia e portato a Roma, dove soggiornerà nella Casa dei Catecumeni, il collegio destinato ai figli degli ebrei convertiti. I genitori di Edgardo fanno di tutto per attirare l'attenzione dell'opinione pubblica sul caso, provocando lo sdegno degli intellettuali europei e non. Questo fa però sì che papa Pio IX prenda a cuore la faccenda: il papato si trova infatti in un momento di forte crisi politica, in cui la figura del pontefice perde prestigio e autorevolezza; Pio IX oppone quindi una ferma reazione a tutte le accuse, occupandosi personalmente dell'educazione di Edgardo e facendogli somministrare un secondo battesimo che fughi ogni dubbio sulla sua appartenenza alla Chiesa Cattolica. Il bambino viene dunque plagiato e indottrinato: gli viene fatto credere che l'intera faccenda sia colpa dei genitori e che l'unico modo per tornare a casa sia diventare un perfetto cristiano.
Mesi dopo l'arrivo di Edgardo a Roma, Momolo e Marianna ottengono il permesso di fargli visita. I membri della comunità ebraica romana accolgono freddamente i due, poiché temono di perdere i privilegi concessi dal papa a causa del clamore mediatico suscitato dalla vicenda. Momolo decide quindi di trattare Edgardo con distacco, accontentandosi di trovarlo in buona salute; davanti a Marianna, però, il bambino scoppia a piangere e rivela alla madre di recitare ancora in segreto lo Shemà Israel tutte le notti. I responsabili dell'educazione di Edgardo vietano perciò ogni futura visita, a meno che l'intera famiglia non si converta al cattolicesimo. I Mortara rifiutano e organizzano un tentativo di rapimento del bambino, che però non va a buon fine e causa la perdita totale del supporto degli ebrei di Roma. Nel 1860 Bologna viene tolta al papa dai rivoltosi; i tribunali del Regno di Sardegna, del quale adesso fa parte la città, arrestano Pier Feletti e lo sottopongono a processo per il caso Mortara. Durante le udienze viene ricostruita l'intera vicenda e si scopre che il battesimo somministrato da Anna Morisi è a tutti gli effetti valido; Feletti viene assolto dalle accuse, poiché ha agito in piena conformità con le leggi vigenti all'epoca dei fatti. Edgardo resta quindi a Roma, ma con la Proclamazione del Regno d'Italia Pio IX perde ulteriormente potere e le preziose alleanze politiche dello Stato Pontificio.
Edgardo, intanto, cresce dimenticando le proprie origini e assoggettandosi sempre di più al papa, studiando da sacerdote e assumendo il nome clericale di Pio Maria. Nel 1870, con la Breccia di Porta Pia, Roma entra a far parte del Regno d'Italia; uno dei fratelli maggiori di Edgardo, Riccardo, corre a cercarlo e gli propone di tornare finalmente a casa: il giovane però rifiuta, affermando che la sua vera famiglia è ormai quella della chiesa cattolica. Tuttavia quando, nel 1878, Pio IX muore, Edgardo si unisce ai rivoltosi che desiderano gettare il suo feretro nel Tevere, salvo poi pentirsene e scappare via. Anni dopo, Marianna si trova in fin di vita ed Edgardo, che anni prima aveva rifiutato di recarsi al funerale di Momolo, torna finalmente a casa. Approfittando di un momento di solitudine, il giovane tenta di battezzare sua madre, ma ella rifiuta bloccando il figlio e dichiarando di voler morire da ebrea. Scacciato dai fratelli per l'affronto della tentata conversione, Edgardo diventerà sacerdote e compirà viaggi da missionario, fino alla morte avvenuta nel 1940.